Het effect van bufferstroken op de waterkwaliteit is erg afhankelijk van de omstandigheden, blijkt uit onderzoek van Wageningen UR. Toch stelt Brussel de bufferstroken verplicht.
Bufferstroken langs alle waterlopen hebben een groot effect voor landbouwbedrijven. Zeker in waterrijke gebieden leggen bufferstroken een flink beslag op het productieareaal. Het effect op de waterkwaliteit verschilt daarnaast sterk. Dat was reden voor het ministerie van landbouw om flexibiliteit te bieden bij de invoering van bufferstroken: als het niet effectief is, mochten er smallere stroken komen.